Magia Record: Puella Magi Madoka Magica Side Story

Iroha Tamaki, uma estudante na cidade de Takarazaki, luta contra bruxas como uma Garota Mágica. No entanto, Iroha parece não se lembrar do desejo que fez quando se tornou uma Garota Mágica. Um dia, ela ouve rumores, mas precisa ir a outra cidade para conferir...

Iroha ainda está confusa e agora lembra que tem uma irmã mais nova, mas não tem certeza disso. Ela vai até Kamihama para conferir se parte do que lembra é verdade ou uma memória implantada em sua cabeça.

Rena escreveu o nome de Kaede na Escadaria do Fim da Amizade. Kaede pede desculpas a Rena, mas ela é sequestrada pelo Monstro da Corrente, confirmando que o boato sobre a escada era verdadeiro. Para encontrar Kaede e trazê-la de volta, Momoko e suas companheiras criam uma estratégia para atrair o inimigo.

Muito do que acontece com as pessoas fica reservado na memória como boas ou más lembranças e diferentes níveis de importância. Iroha compartilha com sua irmã mais nova lembranças que são muito importantes, mas que também deixa Iroha presa ao passado.

Yachiyo e Iroha encontram pessoas importantes em suas vidas, mas não conseguirem crer que tais pessoas estejam bem na frente de cada uma delas. O vazio deixado pelo desaparecimento dessas pessoas parece ser o local ideal para presenças indesejadas.

Iroha segue à procura de sua irmã e conhece Felicia, uma Garota Mágica que possui como objetivo uma vingança contra todas as Bruxas.

Felicia acompanha duas garotas suspeitas em busca de conseguir meios de destruir todas as Bruxas que existirem, mas os rumores nem sempre são exatamente como são contados.

Iroha sai em busca de novos rumores que possam ajudá-la a encontrar sua irmã mais nova. Entre rumores estranhos e sem sentido também estão aqueles perigosos.

Iroha responde a um remetente desconhecido que está enviando uma mensagem para ela e perguntando se ela é uma Garota Mágica. A resposta chega, pedindo para que ela vá ao Extremo da Solidão.

Após o seu resgate, Sana ainda sente falta de Ai, sua companheira, mas precisa voltar a conviver com pessoas no mundo externo. Iroha e suas amigas vão ajudá-la.

Iroha e suas amigas continuam a aparentemente fortalecer seus laços. Também ainda procura pela sua irmã, Ui, o que força todas as Garotas Mágicas a irem atrás de novos rumores.

Em um encontro marcado alguns segredos serão revelados para Iroha e suas amigas, segredos que farão todas as Garotas Mágicas reavaliarem suas ações e escolhas até o momento.

Yachiyo tem sucesso para socorrer Iroha, mas ainda precisam salvar outras amigas. Além de todos os perigos que ainda precisam enfrentar, ainda há dúvidas de qual é o grande segredo do que realmente são as Garotas Mágicas.